配方施肥不僅直接表現在農作物增產效應上，還體現在培肥土壤，提高土壤肥力方面。平衡施肥結果，土壤養分降礙因子得以消除也是培肥標志之一。全國策二次土壤普查發現，遼寧省法庫縣大部分農田土壤有效磷低于5mg/kg，農作物產量始終徘徊在260-300公斤/畝之間。配方施肥技術推行以底全縣化肥N:P2O5保持在1:0.5。多年實施結戰農出土壤有效磷普遍恢復到1.5mg/kg左右，農作物產量水平也很快提高。沈陽市新城于區大辛二村4000畝農田，連續10年豎持有機肥、化肥配合施用，化肥抓配方，農肥抓秸稈直接還田和城糞，土壤有機質從1.6%提高到2.10％，土壤肥力提高很快。1980年前該村每年施用標準化肥360噸，玉米單產不越過500公斤，現在減少到每年施用化肥70噸，節省化肥投資18.7刀元，而玉米單產突破的600公斤。  河南省博愛縣界溝鄉連續五午施行配方施肥，全鄉土壤肥力有明顯提高，有機質增加0.21%，堿解氮增加1.4mg/kg，有效磷增加5.2mg/kg，有效鉀增加1.8mg/kg，土壤理化性狀得到改善。
      利用土壤養分速測儀進行配方施肥中，不論采取肥料效應函數法還是采取測土施肥法或養分平衡法，都足以確保實現農作物一定的目標產量決定施肥量施于土壤，一韶分供應農作物營養需要，一部分殘留于土壤，使被農作物吸出的養分多于補做而且還有多余。以磷肥為例，20％被農作物吸收，80％殘留，肯定會使土壤有效磷和全磷逐漸提高。氮肥是很活潑的營養元荔40％被農作物吸收利用，25％殘留，35％損失，其殘留部分似不能補償農作物攜出的印分，但可在施用有機肥料的情況下得以解決。有機肥紀的利用率20％，余下大部分以有機態殘留。由此也可得到啟示，要提高土壤氮素肥力，必須以提高土壤有機質含量為前提，由此可知，配方施肥不僅能帶來明顯的經濟效益，而且還可提高土壤肥力，寓生態效益于其中。