由于保護地土壤存在鹽分含量高、酸害和連作障礙等問題，在施肥技術上趨利避害，才能獲得作物的持續增產。

　　增施有機肥  施用纖維素多（碳氮比高）的有機肥。有機質在腐解過程中會形成腐植酸等有機膠體，膠體具有很強的吸附性，能將半可溶性礦質養分如銨離子、鉀離子、鈣離矛等陽離子吸附在自身周圍。這種吸附是動態的，當土壤溶液濃度降低時會釋放到溶液中。增施有機肥料可以增強土壤養分的緩沖能力（調節能力），防止鹽類積聚，延緩土壤次生鹽漬化進程。

　　推廣施肥的科學監測  用土壤分析儀監測土壤溶液濃度。超過一定的EC值（基質中可溶性鹽含量）蔬菜就會發生生育障礙，發現接近臨界值時應停止施肥，適當灌水。

　　深翻土壤  保護地土壤的鹽類集中于表土層。一般0～5厘米土層含鹽指數為100，5—25厘米土層為60，25~50厘米土層為40。作物收獲后深翻土地，將富含鹽類的表土翻到下層，含鹽少的下層土翻到上層，可以減輕土壤鹽害。

　　換茬空隙撤膜淋雨溶鹽或灌水洗鹽  夏季作物收獲后，揭去薄膜淋雨溶鹽。雨季有10天左右不蓋膜，日曬雨淋，是消除土壤次生鹽漬化障礙的一項簡便可行的措施。這樣做不僅可以洗鹽，還可以殺滅病菌，有利于后茬作物高產、穩產。

　　深施基肥，*施追肥  化肥作基肥時深施，作追肥時少量多次施用。將化肥與有機肥混合撒施后耕翻，將肥料翻入土中，以免土表施肥過多增加表土含鹽量。施追肥時嚴格控制每次的施肥量，可以增加施肥次數，避免土壤溶液濃度提高。

　　提倡根外追肥  根外追肥不會增加土壤中的鹽分。尿素、過磷酸鈣、磷酸二氫鉀及一些微量元素都可以作為根外追肥品種。

　　地面覆蓋  用地膜或秸稈進行地面覆蓋，可以減少地表水分蒸發，阻滯土壤鹽分上移，抑制土表積鹽。